- 教會電話：07-2859376
- 高雄市三民區三德西街138號
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出身蘇格蘭愛丁堡大學的醫師馬雅各1864年開始來台宣教，於1866年遷到高雄旗後，和三位助手繼續醫療傳道的事工。從黃嘉智述「教會的來歷—埤頭」在《台南府城教會報》167、168號，1899年2、3月刊記載。
教會在旗後逐漸興起。
就到三塊厝，在街裡租了一間房屋，
在禮拜日及週間，都將門打開，講道理給人聽，
這樣講了差不多一年多，沒有任何效果，所以就關了門。
可見馬雅各醫生以旗後宣教根據地後，也往高雄愛河繁榮地方的三塊厝設立福音站，租屋來講道做禮拜建立教會，但沒有果效而暫停轉入鳳山新城的碑頭教會(現鳳山教會)，不然三塊厝有可能繼旗後之後的第二間教會。長老教會第一位信主而殉道的本地人莊清風，在未殉道前也到過三塊厝講道利益人，及竹仔腳教會的歷史資料看見第一位具有牧師身分的宣教師李庥也常常到三塊厝佈道，從這些資料可見福音從清末國外對台宣教的草創開拓就有在三塊厝。
第二次大戰後約，住在三塊厝地區的信徒，因附近無禮拜堂，每逢主日均往鹽埕、前金等教會禮拜。週間聚會則在當時還是鹽埕教會的長老周瑞三德西街六十號的住宅或輪流在各會友家庭。
中會准鹽埕教會開設三民支會，於同年三月四日正式成立，暫以潘明德弟兄住宅為會址，由周瑞、賴巷、洪依利等輪流主持，禮拜日正式開始聚會。因教勢日振期會友盼能有禮拜堂，周瑞醫生太太回憶當時：
建造三民教會是主的疼愛。當時，三民區這一片的地方，都沒有教會，信徒不是徒步到鹽埕教會，就是去前金做禮拜，非常的遙遠。我們就想，感謝主這一生的賜福，地是自己的，決定奉獻給上帝，建造三民區的第一間教會。
周瑞長老奉獻私有土地三德西街60號(現在禮拜堂舊址)開始興建禮拜堂， 1953年7月大致完工並開始遷入新堂聚會及禮拜。
支會組織已健全、財務狀況也符合堂會條件於同年2月28日正式升格為堂會。1957年購置教會旁土地興建牧師館，但建材高漲導致經費不足，土地名目由周瑞長老購置再以奉獻。
教會整個建築於1959年完工並同年4月23日獻堂聘牧，蔡逸士牧師為本堂第一任牧師，先後成立主日學、青少年團契、女宣、聖歌隊等組織穩固教會組織，於1968年離任。
9月第二任牧師潘堅鄉就任，如前章所述因高雄市地重劃及台灣代工興起，會堂附近工廠林立，信徒四面八方湧入，已在1966年組織擴建委員會預備重建會堂，於1969年正式成立擴建籌備小組。
8月開工進行第二次擴建及整修牧師館。
2月11日舉行奉獻典禮，也因社區發展，同年9月開辦愛兒園，招收教區學前兒童，後因人事變動於1979年7月結束。其中1972年4月10日高雄地區成立壽山中會，本會同意加入壽山中會，於同年7月4日在本會會堂舉行成立大會。
12月成立儲蓄互助會為幫助改善信徒生活，關懷低收入者之困難，培養互助合作精神。1980年3月潘堅鄉牧師離任。
10月第三任牧師江顯昌就任，因兒童、青少年人數漸多，活動及教育空間不夠，原本就計畫購置教會北方土地，感謝上帝帶領順利購置緊鄰教會北方土地並興建教育館且能與會堂相連。
9月23日舉行教育館興土禮拜於1987年3月1日舉行設教36年暨教育館落成感恩禮拜。教會旁牧師館老舊且白蟻嚴重侵蝕建築體。
決議重建牧師館並為周瑞紀念館，同年江顯昌牧師受聘澳洲聯合長老會的海外宣教師因而離職，牧師館隔年完工於11月28日舉辦感恩節暨牧師館落成讚美禮拜。
7月第四任牧師戴惠喆就任，當時就為三民教會設教50週年預備並分享異象，於1995成立購地小組及社區發展委員會，1997年為有效利用有限空間，決定打通教育館，主堂座位可達350位，並建置電梯方便年長者。同年5月戴惠喆牧師前往加拿大進修因而離任。
11月第五任牧師朱錫伍就任，適逢會堂擴建完工。就任禮拜時教會容納四百餘人同來慶祝就任感恩禮拜。1998組成設教50週年慶典小組為教會禧年做預備，1999年將二樓空間設計為副堂、教室、圖書室…規劃可多功能用途。
教會慶祝50週年，當時全國施行週休二日，並開始社區兒童福音社工，於每週六舉辦大姆哥週末兒童營，2002年組織草擬社區部進行裝備、教育事工，包含大姆哥週末兒童營、國小彩虹媽媽事工、國中得勝者事工、青少年生命教會事工、社區媽媽成長班…等，大姆哥週末兒童營因少子化影響於2011年停辦。2012年朱錫伍牧師離任。
10月第六任牧師李子和就任，同年成立兒童生命教會團隊針對三民國小進行生命教會課程，同年也成立社區事工小組，整合教會社區事工，包含青少年樂團、三民國小兒童生命教育、高齡關懷事工…等。於隔年成立三塊厝角石文化促進會，作為對外社區與公部門接洽聯絡單位。2014年成立空間規劃小組規劃改善教會硬體設施及有鑑鐵路地下化後原鐵道將為綠地馬路也成立購地小組，2015年設立青年禮拜。
因本會空間使用，互助社遷出本會會址。
5月14日購屋小組順利購置會堂後方路一戶土地，讓會堂北邊可通向新設馬路。
